La Cour des Comptes relève que cet organisme accumule les déficits, a très peu réduit son personnel (1 100 agents en 2010, en équivalent temps plein travaillé, et...885 aujourd’hui) alors qu’elle n’assure plus de mission d’étalonnage public, et n’assure plus que très peu l’approvisionnement en chevaux des administrations qui en ont besoin, ainsi qu’un parc immobilier insuffisamment valorisé.  La gestion comptable est également épinglée.

La Cour des comptes dans ses conclusions conseille simplement de mettre fin à l’IFCE, de réaffecter son personnel et vendre le patrimoine...